ffmpeg компилировал сам (если не забуду - выложу команды из хистори).
/opt/ffmpeg/bin/ffmpeg -y -i <in_file> -vcodec libx264 -acodec libfaac -f mp4 <out_file>.mp4
PS: поддерживаемые форматы нашел тут: http://www.isoftcoupon.com/tutorial/the-new-ipad-3-video-formats.html
/opt/ffmpeg/bin/ffmpeg -y -i <in_file> -vcodec libx264 -acodec libfaac -f mp4 <out_file>.mp4
PS: поддерживаемые форматы нашел тут: http://www.isoftcoupon.com/tutorial/the-new-ipad-3-video-formats.html